Cómo se pagan las incapacidades de origen común superiores a 180 días?

El parágrafo 3°del artículo 5° de la Ley 1562 de 2012, determinó:

"El pago de la incapacidad temporal será asumido por las Entidades Promotoras de Salud, en caso de que la calificación de origen en la primera oportunidad sea común; o por la Administradora de Riesgos Laborales en caso de que la calificación del origen en primera oportunidad sea laboral y si existiese controversia continuarán cubriendo dicha incapacidad temporal de esta manera hasta que exista un dictamen en firme por parte de la Junta Regional o Nacional si se apela a esta, cuando el pago corresponda a la Administradora de Riesgos Laborales y esté en controversia, esta pagará el mismo porcentaje estipulado por la normatividad vigente para el régimen contributivo del Sistema General de Seguridad Social en Salud, una vez el dictamen esté en firme podrán entre ellas realizarse los respectivos reembolso y la ARP reconocerá al trabajador la diferencia en caso de que el dictamen en firme indique que correspondía a origen laboral.

Parágrafo 4°. El subsidio económico por concepto favorable de rehabilitación a cargo de la Administradora del Fondo de Pensiones se reconocerá en los términos del artículo 142 del Decreto-ley 19 de 2012 o la norma que lo modifique o sustituya.

Ahora bien, en la parte pertinente del artículo 142 del Decreto 019 de 2012 taxativamente ordena:

"Para los casos de accidente o enfermedad común en los cuales exista concepto favorable de rehabilitación de la Entidad Promotora de Salud, la Administradora de Fondos de Pensiones postergará el trámite de calificación de Invalidez hasta por un término máximo de trescientos sesenta (360) días calendario adicionales a los primeros ciento ochenta (180) días de incapacidad temporal reconocida por la Entidad Promotora de Salud, evento en el cual, con cargo al seguro previsional de invalidez y sobrevivencia o de la entidad de previsión social correspondiente que lo hubiere expedido, la Administradora de Fondos de Pensiones otorgará un subsidio equivalente a la incapacidad que venía disfrutando el trabajador.

Las Entidades Promotoras de Salud deberán emitir dicho concepto antes de cumplirse el día ciento veinte (120) de incapacidad temporal y enviarlo antes de cumplirse el día ciento cincuenta (150), a cada una de las Administradoras de Fondos de Pensiones donde se encuentre afiliado el trabajador a quien se le expida el concepto respectivo, según corresponda. Cuando la Entidad Promotora de Salud no expida el concepto favorable de rehabilitación, si a ello hubiere lugar, deberá pagar un subsidio equivalente a la respectiva incapacidad temporal después de los ciento ochenta (180) días iniciales con cargo a sus propios recursos, hasta cuando se emita el correspondiente concepto".

Cuál es el monto del auxilio reconocido con posterioridad a la incapacidad de origen común superior a 180 días?

Si la incapacidad a partir del día 90 hasta completar los 180 corresponde al 50% del salario, el subsidio devengado por un término máximo de trescientos sesenta (360) días calendario, en caso de concepto favorable de rehabilitación, equivaldrá igualmente al 50% del salario.

http://www.mintrabajo.gov.co/preguntas-frecuentes/incapacidad.html